Naval Criminal Investigative Service 03

Staffel zehn setzt am Ende der vorherigen Staffel an. Dr. Mallard überlebt seinen Herzinfarkt und liegt nun im Krankenhaus. Durch die Explosion vor dem NCIS-Hauptquartier wurden viele Agenten verletzt oder getötet. Es kommen jedoch keine für die Handlung bedeutenden Personen ums Leben. Ziva und Tony überleben, da sie im Fahrstuhl stecken geblieben sind, als die Bombe hochging. Sie hatten eine lange Zeit zu überbrücken, von der man jedoch nicht alles erfährt. Die Jagd nach dem Terroristen Harper Dearing geht weiter. Nachdem schließlich eine FBI-Aktion, Dearing zu töten, scheitert, begibt sich Gibbs allein auf die Suche nach Dearing und findet ihn in dem Haus, in dem Evan geboren wurde. Nachdem Dearing Gibbs seine Gründe erläutert und erklärt hat, dass er ihn erwartete, greift er nach einer Waffe und wird von Gibbs erstochen. In der Doppelfolge Shabbat Shalom und Shiva kommt Eli David unter dem Vorwand, seine Tochter Ziva besuchen zu wollen, nach Washington D.C. In Wahrheit hat er jedoch ein geheimes Treffen mit dem Chef des iranischen Geheimdienstes Arash Kazmi, einem Freund aus seiner Jugend, arrangiert, um Frieden zwischen Palästina/Iran und Irak zu wahren. Eli David stirbt zusammen mit Director Vances Frau Jackie bei einem Anschlag auf Vances Haus. Verantwortlich dafür ist Ilan Bodnar, Davids Stellvertreter und potentieller Nachfolger beim Mossad, der versucht den Frieden zu verhindern. Bodnar, der ebenfalls in Washington ist, gelingt die Flucht. In der letzten Szene der zweiten Folge wird Kazmi durch eine Autobombe getötet. Später tötet Ziva Ilan Bodnar, was zu Ermittlungen durch das DoD führt. Dadurch wird Gibbs’ Vergangenheit erneut angesprochen, was zur Folge hat, dass Ermittlungen gegen ihn eingeleitet werden. Der frühere Judge Advocate General A. J. Chegwidden übernimmt seine Verteidigung. Letztlich kommt es dazu, dass Tony, Tim und Ziva ihre Dienstmarken abgeben und den Dienst beim NCIS quittieren. Gibbs befindet sich vier Monate später an einem Gewehr und zielt damit auf T. C. Fornell, seinen besten Freund vom FBI.

Staffel 15 greift das Ende der vorangegangenen Staffel auf, McGee und Gibbs sind in Gefangenschaft in Paraguay, während die Befreiten rund um Torres fliehen können. Einige Zeit später gelingt es dem Team, beide zu befreien. In der Mitte der Staffel stößt Jack Sloane auf das Team und arbeitet als Psychologin. Am Ende der Staffel verlässt Abby das Team, da Clayton Reeves erschossen wurde. Beide waren gemeinsam essen und sind danach gezielt überfallen worden, da ein Gefangener sich an Abby rächen wollte, da diese für seine Gefangenschaft verantwortlich ist. In der letzten Folge wird Director Vance gefangen genommen. Dies geschieht durch einen Kriegsverbrecher, dessen Lager von Vance zerstört wurde. Bei dieser Befreiungsaktion, als das Lager vernichtet wurde, wurde auch Sloane befreit. Das ist zugleich als Cliffhanger für Staffel 16 zu sehen.

Zu Beginn der neunten Staffel wird die Zeit zwischen Ende der achten und Beginn der neunten Staffel aus Sicht von DiNozzo zusammengefasst: Er war auf einer Geheimmission, die er vom neuen SECNAV erhalten hatte. Dabei wurde ein weiteres Mitglied aus E. J. Barretts Team getötet. Barrett selbst tauchte unter. Im weiteren Verlauf der Staffel wird erneut die Vergangenheit von Gibbs durchleuchtet. Hierbei werden besonders seine erste und verstorbene Frau und Tochter thematisiert. Zudem reist Gibbs nach Afghanistan. Gibbs und sein Team jagen am Ende der Staffel über einige Episoden den Terroristen Harper Dearing. Dieser hat mehrere Anschläge auf Schiffe der Navy verübt und später eine Bombe in das Auto von Director Vance eingebaut. Diese explodiert später direkt vor dem Hauptgebäude des NCIS. Diese Szene und die folgende, in der Dr. Mallard telefonisch von dem Bombenanschlag erfährt und daraufhin einen Herzinfarkt erleidet, sind der Cliffhanger zur nächsten Staffel.