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Rayford Steele ist ein erfahrener Pilot, doch auch er kann die Maschine nicht mehr steuern, als es bei einem scheinbaren Routineflug zu ausgeprägten Turbulenzen kommt. Mit großer Not bekommt er das Flugzeug in den Griff, doch auf dem Boden ist derweil die Hölle losgebrochen: Ein infernalisches Erdbeben stürzt die Erde in Dunkelheit und die Menschen verfallen in grenzenlose Panik. Als sich die Lage beruhigt, realisieren sie, dass alle Gläubigen und Kinder verschwunden sind - auch Rayfords Ehefrau ist plötzlich weg, wie er von seiner Tochter mitgeteilt bekommt. Die Übriggebliebenen, die "Ungläubigen", verursachen derweil massives Chaos. Nun ist es an Rayford, den Kampf über den Wolken aufzunehmen und die Verantwortung für die Leben seiner vielen Passagiere zu übernehmen – und nicht nur für diese, denn bei den Vorgängen scheint eine höhere Macht im Spiel zu sein und der Pilot fürchtet um die Seelen aller übrigen Erdenbewohner.

Seit Godzilla 1954 Tokyo das erste Mal zerstörte, wurde die Stadt immer wieder von grausamen Riesenmonstern angegriffen. Aus diesem Grund wurde die Spezialeinheit namens AMMT (Anti-MegaMonster Troop) ins Leben gerufen. Doch als Godzilla 1999 plötzlich auftaucht haben die Soldaten der AMMT trotz Ihrer zerstörerischen Waffen keine Chance gegen das Monster. Jetzt, 4 Jahre später, hat die Regierung endlich eine neue Geheimwaffe fertig gestellt: Mechagodzilla. Das neue Ungetüm, komplett aus Stahl, hat viele neue Waffen im Handgepäck und soll Godzilla nun richtig einheizen. Der finale Kampf beginnt: Godzilla against Mechagodzilla!

Nach einem zerstörerischen Weltkrieg ist die Weltbevölkerung drastisch reduziert, der Planet verwüstet. Der utopische Stadtstaat Olympus scheint der einzige zivilisierte Ort in dem verbliebenen Chaos zu sein. Hier regiert die künstliche Intelligenz Gaia und genmanipulierte Bioroids verwalten die Stadt. Doch der Frieden in Olympus ist gefährdet. Im Untergrund schwelen zahlreiche politisch und rassistisch motivierte Konflikte zwischen Menschen, Bioroiden und Cyborgs. Die Spezialagentin Deunan Knute und ihr Freund, der Cyborg-Veteran Briareos, gehören zur globalen Elite-Einheit E.S.W.A.T., die den fragilen Frieden in Olympus gegen terroristische Angriffe verteidigen, politische Verschwörungen aufdecken und korrupten Politikern das Handwerk legen sollen.

In der Nacht, in der in unserem Sonnensystem ein neuer Planet entdeckt wird, der ein Duplikat der Erde ist, kreuzen sich die Wege einer jungen ambitionierten Schülerin und eines erfolgreichen Musikkomponisten.

Die Riesenechse Godzilla wird bei der Zerstörung ihrer Insel immens radioaktiv verstrahlt. Doch das Monster Destroyah wütet in Japan und nur Godzilla kann es mit ihm Aufnehmen und die Menscheit retten.

Ein einsamer Wissenschaftler in der Arktis namens Augustine versucht verzweifelt Sully und ihre Astronautenkollegen daran zu hindern nach Hause zurückzukehren, wo sie eine mysteriöse globale Katastrophe vorfinden würden.