Naval Criminal Investigative Service 02

Zu Beginn der zweiten Staffel wird McGee festes Mitglied von Gibbs’ Team. Er wird oft von DiNozzo und Todd aufgezogen. McGee wird von Gibbs zunächst schroff und fordernd behandelt, damit er sich ins Team einfügen kann. Auch in dieser Staffel ermitteln die Mitglieder des NCIS in Fällen von Mord, Spionage, Terrorismus und Entführung. So wird Dr. Mallard in der Folge Blutiges Puzzle von einem Mörder entführt, wodurch Gibbs und sein Team in ein Rennen gegen die Zeit geraten und versuchen, das Leben des Gerichtsmediziners zu retten. Des Weiteren öffnet DiNozzo zum Ende der Staffel einen Brief, in dem sich ein weiß-bräunliches Pulver befindet. Später findet man heraus, dass sich DiNozzo dabei mit der Lungenpest infiziert hat. Todd wurde nicht infiziert, spielt jedoch DiNozzo vor, dass sie es wäre. Gibbs und Abby versuchen, ein Gegenmittel zu finden. Letztlich kann DiNozzo gerettet werden, da sich das Bakterium nach mehreren Stunden von selbst zerstört. Im Staffelfinale kehrt der Terrorist Ari Haswari zurück, der schon in der ersten Staffel auftrat, und versucht, Gibbs umzubringen. Dies kann jedoch vereitelt werden. Während der Ermittlungen wird Todd von Haswari auf dem Dach eines Lagerhauses aus großer Entfernung erschossen. Die Folge endet damit, dass Todd vor den Augen von Gibbs und DiNozzo stirbt.